Cengiz Han ve ordusu 1220 yılında Özbekistan’ın Buhara şehrini istila ederek büyük bir yıkım yarattı. Şehir yakılıp yıkılırken, birçok insan öldürüldü. Savunma için açılan hendekler Kur’an sayfaları ve camilerden sökülen parçalarla dolduruldu.
Şehir, istiladan sonra büyük ölçüde kayboldu, neredeyse tüm yapılar zarar gördü. Ancak, bu büyük yıkımdan sağ çıkan yapılar da vardı. Magak Attari Camii de bu yapılardan biriydi.
Caminin yapılışı istiladan üç yüzyıl öncesine dayanıyordu. 10. yüzyılda Müslümanlar bölgeye geldikten sonra Makh Camii adında Magak Attari Camii’ne daha sonra temel olacak bir cami inşa etti. Ancak cami, bilinmeyen nedenlerden dolayı tahribata uğradı. 12. yüzyıla gelindiğinde ise Karahanlılar, Makh Camii’nin kalan temeli üzerine Magak Attari Camii’ni inşa ederek Orta Asya mimarisine katkıda bulundu.
İstiladan yaklaşık bir asır önce ise, bir kum fırtınasıyla üstü kaplanan cami, Moğol istilasından bu sayede kurtulmuş oldu. 17. yüzyıla gelindiğinde ise caminin üstündeki kum, Buhara Emiri tarafından kaldırıldı ve onarılan cami yeniden kullanıma açıldı.
Magak Attari Camii, sivri kemerleri, geometrik şekiller ve yazılı işlemeler barındıran yapısı ile klasik bir Karahanlı mimarisi. İki küçük kubbeye sahip olması, camiyi diğer yapılardan ayırıyor.
Cami, son olarak 20. yüzyılda küçük çaplı bir restore işleminden geçirildi.
